Т1 и Т2 это одно здание. Посмотрите
схему аэропорта Мадрида.
А по поводу разных авиакомпаний - это, на самом деле, сложнее. В каком месте Вы покупали билеты? Агентство? Или Аэрофлот?
Если так продал рейс Аэрофлот, то вас зарегистрируют сразу на все. А если это агентство подобрало такую стыковку по разным авиакомпаниям, то лучше уточнить информацию о возможности регистрации в Шереметьево на все рейсы у них.